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核心问题:确定Haloferax volcanii中HVO_1526(AglS)在N-糖基化通路中的功能,特别是其是否参与五糖最后甘露糖残基的添加。
关键发现:HVO_1526编码一个约50.5 kDa(457个氨基酸)的多跨膜蛋白,含9个跨膜域,N端位于胞质;CBD-AglS融合蛋白在免疫印迹中显示约68 kDa条带(CBD 17,215 Da + HVO_1526 50,525 Da)。
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代谢工程
AglSHaloferax volcaniiN-glycosylationS-layer glycoproteinarchaeadolichol phosphate-mannose mannosyltransferase
Haloferax volcanii
Haloferax volcanii
Haloferax volcanii
核心问题:阐明Pseudomonas abietaniphila BKME-9降解abietane型二萜树脂酸的分解代谢途径,包括相关基因簇的组织结构、基因功能及调控机制。
关键发现:['克隆并测序了16.7-kb的dit基因簇DNA片段,包含13个完整开放阅读框(ORF)和1个部分ORF,GenBank登录号AF119621。', 'ditA1::Tn5突变株(BKME-941)不能在abietic acid、palustric acid及7-氧代脱氢松香酸上生长,但在细...
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代谢工程
IclR-type regulatorPseudomonas abietaniphilaabietane diterpenoid degradationaromatic-ring-hydroxylating dioxygenasebiodegradationdit gene cluster
Pseudomonas abietanip...
Pseudomonas abietanip...
Pseudomonas abietanip...
核心问题:解析Gluconobacter frateurii THD32中参与L-山梨糖利用的NADPH依赖性L-山梨糖还原酶(SboA)及其转录调控因子(SboR)的功能与调控机制。
关键发现:SboA的亚基分子量约29 kDa(理论计算28,320 Da),天然分子量87 kDa
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代谢工程
AraC/XylS familyGluconobacter frateuriiL-sorbose reductaseL-sorbose utilizationNADPH-dependentsboA
Gluconobacter frateur...
Gluconobacter frateur...
Gluconobacter frateur...
核心问题:VapBC毒素-抗毒素模块在分枝杆菌中的生理功能,特别是其作为转录后调控因子调控碳代谢通量的机制
关键发现:VapC过表达导致205个基因表达变化≥1.5倍(106个下调,99个上调),其中34%的下调基因涉及碳转运和代谢
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代谢工程
Mycobacterium smegmatisRNaseVapBCglycerol metabolismmetabolic fluxposttranscriptional regulation
Mycobacterium smegmat...
Mycobacterium smegmat...
Mycobacterium smegmatis
核心问题:解析谷氨酸棒状杆菌中转录调控因子AtlR(Cg0146)的调控网络及其在阿拉伯糖醇代谢中的功能角色
关键发现:微阵列显示atlR突变体中rbtT mRNA上调26.35倍、mtlD
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代谢工程
AtlRCorynebacterium glutamicumara bitol metabolismsugar alcoholtranscriptional regulation
Corynebacterium gluta...
Corynebacterium gluta...
Corynebacterium gluta...
核心问题:协调细菌视紫红质(BR)中脱辅基蛋白bacterioopsin(BO)与其辅因子视黄醛的生物合成,揭示BO如何通过调控分支代谢途径确保视黄醛的充足供应。
关键发现:bop基因敲除导致细菌红素大量积累:在MPK407背景中ΔcrtYΔbop菌株细菌红素占总类胡萝卜素的约99%,ΔbrpΔblhΔbop菌株约84%
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代谢工程
Halobacterium salinarumbacteriorhodopsinbacterioruberincarotenoid biosynthesisregulationretinal
Halobacterium salinarum
Halobacterium salinarum
Halobacterium salinarum
核心问题:先前构建的cymA突变株CMTn-1同时存在menaquinone水平显著降低,导致无法明确CymA在厌氧电子传递中的具体作用。本研究拟构建menaquinone水平正常的cymA敲除株,以确定CymA的功能需求。
关键发现:MR1-CYMA(pVK100)的Fe(III)还原速率为0.286 μmol/day,而MR-1为53.7 μmol/day;硝酸盐还原为0.182 vs
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微生物生理
CymAShewanella putrefaciens MR-1anaerobic electron transportmenaquinonerifampin resistancesite-directed gene replacement
Shewanella putrefacie...
Shewanella putrefacie...
Shewanella putrefacie...
核心问题:鉴定并功能验证Streptomyces sp. strain CL190中编码甲羟戊酸途径的基因簇,证明该基因簇能在异源宿主E. coli中重建甲羟戊酸途径。
关键发现:序列分析发现6.7 kb片段含有hmgr及orfA-E,其中orfA编码345个氨基酸(与M. jannaschii甲羟戊酸激酶26%同源性),orfB编码350个氨基酸(与S. cerevisiae二磷酸甲羟戊酸脱羧酶34%同源性),orfC编码374个氨基酸(可能为磷酸甲羟戊酸激酶,与S....
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代谢工程
HMG-CoA reductaseStreptomyces sp. CL190fosmidomycingene clusterisopentenyl diphosphatemevalonate pathway
Streptomyces sp. stra...
Escherichia coli JM109
Escherichia coli JM109
核心问题:阐明lytB基因在非甲羟戊酸(DOXP)途径中的作用,确定其是否参与异戊烯基二磷酸(IPP)和二甲基烯丙基二磷酸(DMAPP)合成的后期反应,并鉴定该途径尚未确定的基因。
关键发现:lytB基因启动子上游插入失活的集胞藻PCC6803突变体生长缓慢,菌落呈黄绿色且易漂白
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代谢工程
lytB基因异戊二烯生物合成类胡萝卜素积累集胞藻PCC6803非甲羟戊酸途径
集胞藻PCC6803
Escherichia coli
Escherichia coli
核心问题:铜绿假单胞菌的FabG是否能作为NADPH依赖的3-酮脂酰-CoA还原酶,为大肠杆菌中合成中链聚-3-羟基链烷酸酯(mcl-PHA)提供前体。
关键发现:FabG在重组大肠杆菌中具有3-酮脂酰-CoA还原酶活性(50-90 mU/mg蛋白,对照10-20 mU/mg)。MF4100和RS3338菌株同时表达phaC和fabG时,PHA含量分别为2.8%和3.1%(仅表达phaC时<0.1%)。JMU193(fadB突变)中PHA含量从4.6%增...
代谢工程
FabGβ-氧化代谢工程聚-3-羟基链烷酸酯铜绿假单胞菌
Escherichia coli
Escherichia coli
Escherichia coli
核心问题:从光合细菌Bradyrhizobium sp. strain ORS278中分离和鉴定参与角黄素(canthaxanthin)生物合成的基因簇,并验证其功能。
关键发现:Bradyrhizobium sp. ORS278中角黄素占总类胡萝卜素含量的85%,含量为1.43 mg/g干重
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代谢工程
crt基因簇光合细菌异源表达类胡萝卜素生物合成角黄素
Escherichia coli
Escherichia coli
Escherichia coli
核心问题:鉴定荚膜红细菌(Rhodobacter capsulatus)中编码1-脱氧-D-木酮糖-5-磷酸合酶(DXP合酶)的两个开放阅读框(ORF 2816和ORF 2895),并对其基因产物进行克隆、表达、纯化和酶学表征,同时验证其体内功能。
关键发现:在大肠杆菌中成功表达并纯化了R. capsulatus DXP合酶A和B,纯度>95%。DXP合酶A为同源二聚体,亚基分子量68 kDa。稳态动力学参数(200 mM柠檬酸钠缓冲液,pH 7.4):DXP合酶A对丙酮酸的Km=0.61 mM,对GAP的Km=150 μM,Vmax=1.9 μm...
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代谢工程
1-脱氧-D-木酮糖-5-磷酸合酶DXP合酶MEP途径异戊二烯生物合成荚膜红细菌
Escherichia coli BL21...
Escherichia coli FH11...
Rhodobacter capsulatus
核心问题:揭示Rhodococcus sp. strain AD45中异戊二烯降解相关基因簇的组成和功能,阐明异戊二烯代谢途径的分子机制。
关键发现:测序得到8456 bp DNA片段,含10个ORF(isoABCDEFGHIJ),GC含量58.9%;IsoJ在大肠杆菌中表达水平占总可溶蛋白35%,对CDNB的活性为9.0 mmol min⁻¹ mg⁻¹(pH
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代谢工程
Rhodococcus sp. AD45基因簇异戊二烯代谢烯烃单加氧酶脱氢酶谷胱甘肽S-转移酶
Rhodococcus sp. strai...
Rhodococcus sp. strai...
Rhodococcus sp. strai...
核心问题:验证古菌光敏信号转导模块(NpSRII-NpHtrII的七螺旋跨膜部分)是否能作为一个模块化功能单元,在与真细菌趋化转导子细胞质域融合后,在异源底盘(Escherichia coli)中传递光信号并介导光趋化反应。
关键发现:NpSRII-NpHtrII融合蛋白在H. salinarum中表达量为1.6×10^4分子/细胞,在E. coli中NpSRII-NpHtrII-StTar嵌合体表达量为1.4×10^4分子/细胞
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合成生物学
Escherichia coliHalobacterium salinarumfusion proteinphototaxissensory rhodopsintransducer
Natronobacterium phar...
Halobacterium salinar...
Escherichia coli RP437
核心问题:直接定量 Pseudomonas putida 中由天然启动子表达的 XylR 蛋白的细胞内水平,以验证其转录自调控模型并揭示蛋白稳定性调控机制。
关键发现:Phab B7 可识别表位 TPRAQATLLRVL,其中两个精氨酸残基为关键
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代谢工程
Pseudomonas putidaTOL plasmidXylRenhancer-binding proteinphage antibodysigma54
Pseudomonas putida MAD1
Pseudomonas putida MAD2
Pseudomonas stutzeri OX1
核心问题:解析乳酸乳球菌IL1403在葡萄糖和半乳糖两种碳源、两种营养复杂度培养基下,糖分解代谢的生理特性,特别是分解代谢通量控制及基因表达(转录和翻译)的调控机制。
关键发现:在所有培养条件下L. lactis IL1403均维持同型乳酸发酵(>90%碳回收为乳酸),混合酸产物(甲酸、乙酸、乙醇)比例约2:1:1,但总量<10%。
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代谢工程
DNA macroarrayLactococcus lactisglycolysismixed-acid fermentationsugar catabolismtranscriptional regulation
Lactococcus lactis IL...
Lactococcus lactis IL...
Lactococcus lactis IL...
核心问题:鉴定大肠杆菌中泛醌(辅酶Q)生物合成所需的ubiB基因,并阐明其在第一个单加氧酶步骤中的作用,同时纠正先前将fre基因认定为ubiB的错误。
关键发现:L S1312(fre::Kan)中CoQ8含量为32.6±3.6 ng/mg干重,与野生型DH5α的40.3±6.2 ng/mg无显著差异
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代谢工程
Escherichia coliProvidencia stuartiiaarFcoenzyme Qmonooxygenaseoctaprenylphenol
Escherichia coli
Providencia stuartii
Escherichia coli
核心问题:探究能否通过实验室定向进化改变类胡萝卜素合成酶的底物特异性,从而将C30类胡萝卜素合成酶CrtM改造成能在C40途径中高效合成C40类胡萝卜素,以及C40合成酶CrtB能否获得C30活性,并揭示决定底物特异性的关键氨基酸位点。
关键发现:野生型CrtM在C40途径中几乎不能合成C40类胡萝卜素(仅产生微量C30/C35产物),而野生型CrtB在C30途径中无可见活性。经过一轮易错PCR诱变和筛选,从约23,000个CrtM突变体中分离出116个能合成C40类胡萝卜素的阳性克隆(约0.5%阳性率
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代谢工程
C30途径C40途径CrtBCrtM定向进化底物特异性
Escherichia coli XL1-...
Escherichia coli XL1-...
Escherichia coli XL1-...
核心问题:解析乳酸乳球菌中丙酮酸甲酸裂解酶(PFL)的合成与翻译后调控机制,尤其是氧对PFL活性的影响以及不同生长条件下PFL蛋白水平与活性的调控关系。
关键发现:在MS10培养基中,厌氧生长于半乳糖时PFL蛋白水平是葡萄糖的5倍(7.3 vs 1.5,ELISA)
等 7 条
代谢工程
ADHELactococcus lactismixed-acid fermentationoxygen sensitivityposttranslational regulationpyruvate formate-lyase
Lactococcus lactis MG...
Lactococcus lactis MG...
Escherichia coli M15
核心问题:解析盐沼盐杆菌(Halobacterium salinarum)中细菌视紫红质生物合成所需的番茄红素β-环化酶基因,阐明类胡萝卜素代谢产生视网膜辅因子的途径。
关键发现:在ΔcrtY菌株中,细菌视紫红质(BR)、视网膜和β-胡萝卜素均无法检测,而番茄红素积累至约1.3 nmol/mg总细胞蛋白
等 2 条
代谢工程
crtY基因番茄红素β-环化酶盐沼盐杆菌类胡萝卜素代谢细菌视紫红质视网膜生物合成
Halobacterium salinarum
Halobacterium salinarum
Halobacterium salinarum