用 Skill 教会大模型怎么查本库

MCP 给的是工具（能做什么），Skill 给的是说明书（什么时候用、怎么调参）。两者互补：装了 MCP 模型就能查，再配上 Skill，它才知道该在什么场合主动来查、怎么筛选才准。

一、放置位置

把下面内容存成 ~/.claude/skills/gaojichun-paper-database/SKILL.md （Claude Code 会自动扫描该目录）。其他支持 Agent Skills 的客户端放到对应的 skills 目录即可。

二、Skill 内容

整段复制：

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name: gaojichun-paper-database
description: |
  查询课题组「高级醇 / 代谢工程」文献结构化数据库（6641 篇论文，
  每篇已抽取题目、作者、单位、期刊、DOI、关键词、所属领域、核心问题、研究策略、
  创新点、关键发现、研究结论，以及逐条的研究对象——底盘细胞/代谢通路/基因/蛋白/功能）。
  Use when: 用户问"哪些论文改造过某个基因/某条通路/某种底盘"、要做文献调研或综述、
  要找某个酶的功能证据、要比较不同研究策略、要统计某领域的研究分布；
  或提到 高级醇、异丁醇、异戊醇、代谢工程、底盘细胞、代谢通路、文献库、论文库。
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# 高级醇 / 代谢工程文献结构化数据库

本库 6641 篇论文、45706 条研究对象，字段由大模型从全文抽取。

## 工具

| 工具 | 用途 |
|---|---|
| `search_papers` | 主入口。关键词 + 领域/底盘/通路/基因/功能/年份筛选 |
| `get_paper` | 按 id 或 DOI 取一篇完整记录 |
| `find_research_objects` | **跨论文**找基因/蛋白/底盘/通路 |
| `stats` | 总体统计与分布 |

## 用法

- 问「哪些论文在酿酒酵母里做过异丁醇」→
  `search_papers(query="异丁醇", chassis="Saccharomyces cerevisiae")`
- 问「ILV2 这个基因有哪些研究」→ `find_research_objects(gene="ILV2")`，
  它会跨论文返回每条记录及所属论文的 DOI 和年份
- 要写综述 → 先 `search_papers` 拿候选，再对最相关的几篇 `get_paper`
  取 core_problem / strategy / innovations / key_findings / conclusion

## 字段语义

- **研究对象**是论文里被改造/研究的具体标的，一篇通常有多条。
  `function` 五选一：`catalysis` 催化、`regulation` 调控、`transport` 转运、
  `energy` 能量供给、`compartment` 区室化。按功能筛选时传英文码。
- `key_findings` 含原文的具体数值（产量、倍数、浓度），是回答「效果多好」的首选字段。
- `doi` 已规范化（不含 https://doi.org/ 前缀）。

## 注意事项

- **基因/蛋白级的问题用 `find_research_objects`**，它返回的是具体记录；
  `search_papers` 返回的是论文摘要。
- 数据是抽取结果，不是原文。需要引用原句时用 DOI 回到原文，
  或访问 https://gaojichun.mtc-lab.cn 上该篇的「阅读原文」。
- **不要用 web_search 核实题录**，DOI 和期刊已在库里。

三、前提

Skill 只是说明书，本身不能取数据。请先按 MCP 配置装好工具，再放这份 Skill。两者都到位后，你直接问「帮我查查高级醇的文献」，模型就会自动触发并检索。