核心问题：大肠杆菌中异戊二烯类化合物（番茄红素、amorpha-1,4-diene）产量低，主要受DXP途径前体磷酸烯醇式丙酮酸（PEP）供给不足限制；敲除PTS系统虽可提高PEP浓度但导致细胞生长严重受损。
关键发现：在优化条件下，PTS突变株（PTS01）的番茄红素产量比野生型（MG01）高7倍，最高比产率达到20,000 μg/g DCW（为至今报道的最高值） 等 7 条
核心问题：如何激活真菌中沉默的次级代谢基因簇，发现新化合物并阐明其生态功能，特别是真菌-昆虫互作中的化学防御机制。
关键发现：在构巢曲霉中异源表达smrA（est_fge1_pg_C_150220）并在高盐条件下诱导合成了JH-III和MF；分离并纯化得到JH-diol 等 4 条
核心问题：揭示茯苓（Wolfiporia cocos）中三萜类化合物（尤其是茯苓酸）生物合成相关基因，填补其生物合成途径研究的空白。
关键发现：菌丝体和菌核分别获得38,722,186和39,710,244条高质量reads，总碱基数分别为3,484,996,740 bp和3,573,921,960 bp 等 5 条
核心问题：甜菊糖苷生物合成途径的遗传调控机制尚不清楚，特别是与赤霉素生物合成的关系。
关键发现：沉默SrKA13H使靶基因表达降低74%-86%，总甜菊糖苷含量下降36%-40%，GA3含量增加11%-15% 等 4 条
核心问题：黄芩R2R3-MYB转录因子SbMYB2和SbMYB7如何通过赤霉素（GA）代谢调控黄酮生物合成
关键发现：从黄芩cDNA文库鉴定出19个SbMYB基因，其中11个R2R3-MYB分为5个亚组 等 7 条
核心问题：解析药用植物丹参（Salvia miltiorrhiza）中丹参酮生物合成途径尚未完全阐明的步骤以及其根特异性积累的分子机制，鉴定参与丹参酮生物合成的关键酶和转录调控因子。
关键发现：454测序产生根550,546条reads、叶525,292条reads，组装后获得64,139个unigenes（29,883 isotigs和34,256 singletons），平均长度413 bp，总长26.4 Mb。50%（32,096）unigenes获得功能注释 等 6 条
核心问题：比较Saccharomyces cerevisiae与Scheffersomyces stipitis在NAD(H+)可利用性模式上的差异，解释Crabtree效应（溢流现象）存在与否的代谢网络特征。
关键发现：S. stipitis在葡萄糖摄取率4.45 mmol gDW^-1 h^-1下预测最大比生长速率为0.429 h^-1（实验值0.47 h^-1） 等 3 条
核心问题：构建适用于生物乙醇活性干酵母（ADY）生产的新型酿酒酵母菌株，克服工业菌株ZTW1干燥耐受性差的问题，同时保持并提高其乙醇发酵性能。
关键发现：突变株Z3-86在胁迫条件下（280 g/L葡萄糖，35°C）乙醇产量为127.41 g/L，比亲本ZTW1（122.08 g/L）提高4.4% 等 7 条
核心问题：植物自然产生的甲醇量不足以防御入侵的昆虫害虫，需要增强植物甲醇产生以实现广谱抗虫性。
关键发现：转基因烟草叶片甲醇含量最高约432 μg/g，相比野生型约27.8 μg/g提高达16倍 等 4 条
核心问题：Cronobacter sakazakii的黄色素化学结构和生物合成途径未知，需要鉴定其生物合成基因簇并在异源宿主中重建。
关键发现：C. sakazakii BAA894的黄色素主要为玉米黄素-二糖苷（CS1）和玉米黄素-单糖苷（CS2），产量分别为65 μg/g和34 μg/g干重 等 6 条
核心问题：体外多酶合成青蒿素前体紫穗槐-4,11-二烯（AD）时，多酶反应体系中各酶水平如何同步优化以获得高产物收率的问题。
关键发现：确定最佳酶活性比例Erg12:Erg8:Erg19:Idi:IspA:Ads为100:100:1:25:5:1（Ads恒定为100 mg/L）；IspA活性与AD产量呈负相关，因其产物FPP沉淀并共沉淀其他酶；通过响应面法将Ads浓度提高2倍后，MVA到AD的转化率达~100%，AD产量达到理... 等 3 条
核心问题：稀有人参皂苷F2在天然人参中含量极低（<0.01%），难以获得，需要开发高效、可规模化的生物转化方法以满足医药和功能食品行业需求。
关键发现：bglPm基因长1260 bp，编码419 aa，蛋白分子量47.72 kDa，pI 等 5 条
核心问题：解析嗜冷酵母 S. kudriavzevii 在低温下比 S. cerevisiae 积累更多甘油的分子机制，尤其是 Gpd1p 酶学性质与表达调控的差异。
关键发现：在12°C天然葡萄汁微发酵中，S. kudriavzevii IFO1802比S. cerevisiae T73早9天完成发酵，最终胞外甘油10.1 g/L vs 等 3 条
核心问题：解决重组大肠杆菌中因质粒丢失导致的菌株不稳定问题，提高P3HP产量
关键发现：原始两质粒菌株Q1359在不加抗生素时P3HP产量仅0.34 g/L（15.5% CDW），加抗生素后0.52 g/L（17.3%）。PAS策略菌株Q1509质粒稳定性提高至42.9%和27.2%，P3HP产量0.55 g/L（22.5%）。CGI菌株Q1599产量0.26 g/L（6.4%）...
核心问题：阐明青蒿中多种倍半萜合酶（CPS、ECS、FS等）的表达模式及其对青蒿素产量的潜在影响，评估竞争性代谢支路对青蒿素生物合成的制约。
关键发现：克隆的CPS、ECS和FS启动子长度分别为923 bp、1182 bp和1510 bp 等 8 条
核心问题：人参皂苷 Rg2(S) 在天然人参中含量极低（红参中不足干重的0.02%），且传统热酸处理易产生副产物，缺乏高效、高选择性的大规模制备方法。
关键发现：基因 bglPC28 长2232 bp，编码743个氨基酸，预测分子量78975 Da；重组酶最适 pH 等 7 条
核心问题：荔枝果皮花青素积累在不同品种、组织、发育阶段及ABA和光照刺激下的差异决定机制，核心是LcMYB1转录因子的作用。
关键发现：LcMYB1全长940 bp，编码281个氨基酸；其R2R3结构域与已知花青素调控MYB蛋白的氨基酸一致性分别为：McMYB1 等 6 条
核心问题：解析禾谷镰刀菌中bZIP转录因子Fgap1在氧化应激响应、单端孢霉烯族毒素生物合成及致病性中的作用及其调控机制。
关键发现：鉴定到Fgap1（FGSG_08800），编码588氨基酸蛋白，含bZIP结构域和C端c-CRD（含NES），无n-CRD。 等 7 条
核心问题：T. brevicompactum中trichodermin的生物合成途径尚未完全阐明，缺乏该物种的转录组和基因表达谱数据。
关键发现：获得25,816,102条读段，累计长度2,323,449,180 bp 等 3 条
核心问题：OsTGAP1是调控水稻二萜类植保素（momilactones和phytocassanes）生物合成的bZIP转录因子，但缺乏对其直接靶基因和调控机制的了解。本研究旨在通过全基因组鉴定OsTGAP1靶基因，阐明其促进激发子诱导植保素超量积累的分子机制。
关键发现：ChIP-seq在未处理和激发子处理条件下分别鉴定出2763和2777个OsTGAP1结合区域，其中2003个（约70%）为共有 等 4 条