核心问题：生物柴油生产产生大量副产甘油，价格低廉且过剩，但大肠杆菌传统上被认为不能在无外部电子受体时发酵甘油，急需开发甘油发酵平台以利用这一丰富的碳源。
关键发现：pH 6时约9 g/L甘油被发酵（初始10 g/L），最大细胞浓度486.2 mg/L 等 3 条
核心问题：长春花毛状根中萜类吲哚生物碱（TIA）产量极低，尤其是抗肿瘤药物长春碱和长春新碱含量微小，限制了商业化生产。需要确定TIA生物合成途径中的限制性环节，并探索通过前体饲喂和基因过表达提高产量的策略。
关键发现：在ASα毛状根中，饲喂1-脱氧-D-木酮糖使诱导样品中hörhammericine含量增加125% 等 2 条
核心问题：新型合成茉莉酸酯类诱导子HEJ在红豆杉细胞培养中诱导紫杉烷类次生代谢物（taxuyunnanine C）生物合成的信号转导机制尚不清楚，特别是防御信号（H2O2和JA）与紫杉烷生物合成关键酶基因表达之间的关系。
关键发现：HEJ诱导H2O2产生，30 min时HEJ处理组H2O2浓度为22.5 μM，对照组为3.8 μM 等 8 条
核心问题：amorpha-4,11-diene（青蒿素前体）在大肠杆菌发酵中因挥发导致产量严重低估，且产量受碳源和营养限制，需要建立有效的捕获和补料策略以实现高产。
关键发现：amorpha-4,11-diene在无细胞生物反应器中呈一级降解动力学，半衰期约50分钟；摇瓶培养中，添加正十二烷覆盖的培养检测到281.4 mg/L ± 等 3 条
核心问题：NADPH辅酶价格昂贵，需原位再生，而现有FDH系统对NADPH再生的效率不高，缺乏高效稳定的NADPH再生酶
关键发现：12x-A176R对NADP+的kcat/KM为14.9 mM^-1 min^-1，比野生型PTDH高约440倍，比mut Pse-FDH高约65倍 等 7 条
核心问题：倍半萜类化合物在天然来源中含量低、成分复杂，化学合成困难，缺乏高效、可扩展的生产平台，需要工程化酵母实现高产量倍半萜烃及其羟基化衍生物的生产。
关键发现：WAT11菌株中TEAS基因在GAL10启动子下仅产1.2 μg/L 5-表-马兜铃烯，改用ADH1启动子后产量提高至230 μg/L 等 7 条
核心问题：代谢工程改造的运动发酵单胞菌木糖发酵速率低、高浓度木糖（>5%）发酵不完全，需提高木糖利用率以实现高效乙醇生产
关键发现：适应菌株A3在5%葡萄糖-5%木糖混合发酵中最大木糖比消耗速率为1.8 g/g/h（A1仅0.45 g/g/h），乙醇得率96.6%（A1为93.7%），木糖醇最终浓度0.06%（A1为0.13%）。在10%木糖为唯一碳源时，A3在46h内耗尽木糖（残留0.33%），乙醇4.31%，乙醇得率8... 等 3 条
核心问题：在代谢通量分析中，如何从外部通量和同位素标记测量中自动选择最小且最经济的测量集合，使得所有可辨识的代谢通量能够被唯一确定（完全通量解析），避免因测量冗余或线性相关导致通量不可辨识。
关键发现：在小网络示例中，OptMeas找到3个成本为3的最优测量集和若干成本为3.5的替换方案 等 4 条
核心问题：通过下调鲨烯合酶基因ERG9，将酿酒酵母中FPP分支点的代谢流向从甾醇合成转向异源倍半萜（紫穗槐二烯）的生产，以提高青蒿素前体产量。
关键发现：在混合碳源（0.2%葡萄糖+1.8%半乳糖）、1 mM甲硫氨酸条件下，EPY201（仅ADS）产紫穗槐二烯1 mg/L/OD600 等 5 条
核心问题：在酿酒酵母中高效异源生产植物倍半萜（valencene、cubebol和patchoulol），面临异源合成酶表达、前体FPP供应不足以及产物挥发和低溶解度导致定量困难等挑战。
关键发现：ERG9下调使细胞麦角固醇含量从野生型的18.75±1.92 mg/g DW降至2 mM甲硫氨酸条件下的3.31±0.04 mg/g DW 等 5 条
核心问题：质粒用于代谢工程改造存在质粒不稳定、抗生素抗性标记扩散及安全风险，需开发无复制子、无标记的染色体基因插入和可控表达方法。
关键发现：开发了无复制子无标记的基因组插入和可控表达方法。将外源gps、crtI、crtB基因簇及内源dxs基因插入大肠杆菌基因组，经FLP重组酶去除复制子和标记后，菌株BL21-Crt、BL21-CrtD1、BL21-CrtD2、BL21-CrtD1K在20 μM IPTG诱导下发酵36 h番茄红素产... 等 3 条
核心问题：提高丙酮丁醇梭菌发酵中丁醇的产量和选择性，解决丁醇/丙酮比低以及丁醇滴度不足的问题。
关键发现：['824(pCASAAD)总溶剂产量超过30 g/L，其中丁醇178 mM、乙醇305 mM、丙酮61 mM 等 2 条
核心问题：从β-胡萝卜素合成虾青素的关键步骤中，β-胡萝卜素酮化酶和羟化酶的催化效率低、基因选择不明确，导致微生物法生产虾青素产量低，难以满足商业需求。本文旨在系统表征蓝藻来源的酮化酶和羟化酶基因，并通过优化组合提高大肠杆菌中虾青素的产量。
关键发现：在β-胡萝卜素积累的大肠杆菌中，共表达单个β-胡萝卜素酮化酶和羟化酶基因，总类胡萝卜素产量达1.99 mg/g（2,885 μg/L），比亲本菌株提高23.5倍（μg/g基础）或17.6倍（μg/L基础），其中虾青素占91.2%。具体而言，CrtW酮化酶中，Nostoc punctiforme... 等 5 条
核心问题：如何高效合成具有可调节3-羟基戊酸(3HV)含量的三聚物P(3HB-co-3HV-co-3HHx)，并解析其组成与热力学、力学性能的关系。
关键发现：野生型和重组A. hydrophila 4AK4以月桂酸和戊酸为碳源可合成含9-32 mol% 3HV和12-34 mol% 3HHx的三聚物 等 5 条
核心问题：研究双碳源（甲醇/山梨醇）和不同甲醇补料速率对毕赤酵母（Pichia pastoris）生产重组人促红细胞生成素（rHuEPO）过程中胞内中心碳代谢通量分布的影响，以深入理解代谢调控机制并识别重组蛋白生产的潜在代谢瓶颈。
关键发现：在MS-0.02条件下，几乎全部甲醛（>99%）进入同化途径，甲醇补料未超过细胞需求 等 3 条
核心问题：木质纤维素水解液中乙酸等抑制剂抑制酵母生长，需要快速获得耐受高浓度乙酸的工业菌株
关键发现：在20 g/L乙酸条件下，突变株AG3、AG4、AG5的比生长速率约为0.26 h⁻¹，比野生型S288c（0.15 h⁻¹）快70%以上 等 5 条
核心问题：硬木亚硫酸盐废液（HW SSL）中的抑制物（乙酸、糠醛、HMF等）严重抑制戊糖发酵酵母树干毕赤酵母（Pichia stipitis）的生长和发酵，导致SSL中木糖等戊糖无法被有效利用，而工业上常用酿酒酵母又不能发酵戊糖，因此需要获得对抑制物耐受且能发酵HW SSL中主要糖类产乙醇的菌株。
关键发现：['野生型P. stipitis在HW SSL稀释至65%（v/v）时才能生长，而第三代突变株可在75%（v/v）HW SSL中生长，PS301和PS302甚至能在80%（v/v）HW SSL中存活但细胞数不增加；', '第三代突变株在4%（w/v）木糖上的生长速率为0.23–0.33 h⁻¹... 等 3 条
核心问题：通过代谢工程解除酿酒酵母甲羟戊酸途径的调控，增强法尼基焦磷酸（FPP）胞内池，以提高倍半萜（cubebol）的产量，并研究对内源甾醇途径的影响。
关键发现：tHMG1过表达使HMG-CoA还原酶比活由4.04±0.49 U/mg增至5.82±0.29 U/mg（约增加45%），对应倍半萜产量提高约40% 等 5 条
核心问题：酿酒酵母虽能发酵半乳糖产乙醇，但半乳糖的乙醇产量和生产率显著低于葡萄糖，需要鉴定有效基因靶点以提高半乳糖发酵效率。
关键发现：鉴定出三个过表达靶点：确认靶点SEC53（磷酸甘露糖变位酶）和两个新靶点SNR84（小核仁RNA）及截短型TUP1（tTUP1）。过表达tTUP1使半乳糖消耗速率和乙醇生产率均比对照提高250%，乙醇生产率从0.68 g/L/h提高到1.33 g/L/h 等 3 条
核心问题：在大肠杆菌中实现法尼醇（FOH）的直接高效生产，此前产量极低（389 μg/L）且需体外磷酸酶处理。
关键发现：重组大肠杆菌（pSNA、pTispA）以1%甘油为碳源，0.1 mM IPTG诱导培养48小时，FOH产量达135.5 mg/L，较此前报道的389 μg/L提高约350倍；不添加甘油时仅14.1 mg/L，4%甘油时降至42.4 mg/L。过表达ispA（高拷贝pTrc99A）使48小时FO... 等 3 条