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核心问题:从红法夫酵母(Xanthophyllomyces dendrorhous)中克隆并鉴定参与虾青素生物合成的首个基因,即编码八氢番茄红素脱氢酶的crtI基因,并明确其在类胡萝卜素合成途径中的功能,为代谢工程改造虾青素产量奠定基础。
关键发现:从约14,000个菌落中筛选到2个黄色/橙色互补克隆(pPRpd1和pPRpd2)
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代谢工程
互补异源表达类胡萝卜素酵母
Escherichia coli
Escherichia coli
Escherichia coli
核心问题:类黄酮(如(+)-儿茶素)在水溶液中溶解度极低,难以作为糖苷酶的受体进行酶法糖基化,且传统反应条件下无产物生成。
关键发现:['(+)-儿茶素在柠檬酸缓冲液中37°C溶解度仅约10 mg/mL,但在过饱和溶液中可达到400 mg/mL(即0.4 g/mL),溶解度提高约40倍', '对硝基苯基-β-D-吡喃岩藻糖苷在过饱和溶液中浓度可达200 mg/mL(基础溶解度约4 mg/mL),提高约50倍', "制备(+)...
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酶工程与生物催化
catechinflavonoidflavonoid glycosidesglycosidaseglycosidesglycosylation
核心问题:开发一种能够同时通过化学趋化和生物靶向(CD44)双重靶向肿瘤细胞的细菌驱动微珠药物递送系统,以提高抗癌治疗效果并减少副作用。
关键发现:PLGA-DTX纳米粒平均粒径为277±5.38 nm,zeta电位为-1.58±5.28 mV,DTX包封率为87.5%
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合成生物学
CD44 targetingSalmonella Typhimuriumbacteriobotschemotaxisdocetaxelhyaluronic acid
Salmonella Typhimuriu...
核心问题:使工业酿酒酵母菌株能够利用蜜二糖(melibiose),并减轻葡萄糖阻遏对半乳糖代谢的影响,以提高工业过程中糖的利用效率。
关键发现:所有菌株在葡萄糖上的最大比摄取速率比半乳糖高2.5-3.3倍
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代谢工程
GAL80MEL1MIG1S. cerevisiaegalactoseglucose repression
Saccharomyces cerevis...
Saccharomyces cerevis...
Saccharomyces cerevis...
核心问题:同时过表达糖酵解下半部分多个酶是否能够提高酿酒酵母的糖酵解通量和发酵能力
关键发现:在葡萄糖生长时,重组菌株YHM4和YHM7中糖酵解酶活性比宿主菌CEN.PK.K45高1.1-3.4倍,其中磷酸甘油酸变位酶活性升高最多(3.4倍),丙酮酸脱羧酶活性升高最少(1.1倍)
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代谢工程
Saccharomyces cerevisiaefermentative capacityglyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenaseglycolytic fluxlower glycolysisphosphoglycerate kinase
Saccharomyces cerevis...
Saccharomyces cerevis...
Saccharomyces cerevis...
核心问题:大肠杆菌中番茄红素产量受限于非甲羟戊酸途径中异戊烯基二磷酸(IPP)前体的供应,特别是DXP合酶催化的第一步反应可能为限速步骤。
关键发现:过表达dxs显著提高番茄红素产量:pDdxs(P_BAD启动子)在13.3 mM阿拉伯糖诱导下产量达12.3 mg/L,是对照的4倍
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代谢工程
carotenoidsisopentenyl diphosphatelycopene
Escherichia coli DH5α
Escherichia coli DH5α
Escherichia coli DH5α...
核心问题:阐明MEP途径最后步骤中GcpE酶的性质及其催化机制,特别是其辅基和还原需求。
关键发现:His-GcpE纯化后纯度为95%,分子量约43 kDa
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代谢工程
GcpE酶HMBPPMEP途径异戊二烯生物合成铁硫簇
Escherichia coli
Escherichia coli
Escherichia coli
核心问题:奶酪乳清中乳糖利用率低,尤其是含盐乳清(可达6% NaCl)中缺乏能同时发酵乳糖和耐盐的酵母菌株,导致乳清废弃物造成环境污染。
关键发现:获得57个融合子,其中18个DNA含量高于亲本;SK-35的DNA含量为亲本K. lactis的1.87倍,SK-53为亲本S. cerevisiae的2.23倍;SK-1核直径0.00140 mm,显著高于亲本(K. lactis
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代谢工程
乙醇乳清乳糖乳酸克鲁维酵母原生质体融合酿酒酵母
Saccharomyces cerevis...
Kluyveromyces lactis ...
Kluyveromyces lactis ...
核心问题:识别丙酮丁醇梭菌从酸生成转向溶剂生成过程中特异性诱导的蛋白质,理解代谢转换的分子机制。
关键发现:在分析的130个蛋白中,溶剂生成期有52个蛋白合成增加超过2倍,34个蛋白降至不足酸生成期的一半;7个蛋白(spots 18, 28, 30, 36, 37, Adc I, 118)诱导超过10倍。乙酰乙酸脱羧酶(Adc)合成诱导率36.2倍,丰度增加10.9倍;DnaK合成诱导3.7倍,GroEL
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代谢工程
Clostridium acetobutylicumN-Terminal sequencingProteome analysisSolventogenesisTwo-dimensional electrophoresis
Clostridium acetobuty...
Clostridium acetobuty...
Clostridium acetobuty...
核心问题:芳香族氨基酸(苯丙氨酸、酪氨酸、色氨酸)及其衍生化合物的生物合成途径和调控机制
关键发现:在Aerobacter aerogenes中,L-苯丙氨酸(5×10^-3 M)对分支酸变位酶P同工酶抑制65%,对T同工酶抑制4%
等 2 条
代谢工程
反馈抑制同工酶芳香族氨基酸生物合成莽草酸途径调控阻遏
Escherichia coli
Escherichia coli
Escherichia coli
核心问题:自然界是否存在酶催化的Diels-Alder反应?系统总结推测经由Diels-Alder反应生成的天然产物及其生物合成证据。
关键发现:通过亚培养筛选获得的Aspergillus terreus MF4845菌株使洛伐他汀产量提高至200 mg/L
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合成生物学
Diels-AlderaseDiels-Alder反应天然产物生物合成生物碱聚酮化合物
Aspergillus terreus
Aspergillus terreus
Alternaria solani
Ciba Foundation Symposium 171: Secondary metabolites: their function and evolution · 1992
·
10.1002/9780470514344.ch10
· 含路线图 · 有原文
核心问题:理解萜类环化酶如何催化无环前体法尼基焦磷酸(FPP)和香叶基焦磷酸(GPP)环化为多种萜类化合物的结构基础与催化机制,包括底物结合、碳正离子中间体的稳定以及产物特异性的决定因素。
关键发现:['所有已研究的萜类环化酶为可溶性、中等疏水性蛋白,亚基相对分子量40,000-65,000(摘要中表述为40,000-100,000),需要二价金属离子(通常为Mg2+或Mn2+)作为唯一辅因子。', '将Fusarium sporotrichioides trichodiene synth...
等 5 条
萜类生物合成/酶催化
aristolochene synthasecarbocationic intermediateselectrophilic catalysisterpenoid cyclasestrichodiene synthase
核心问题:解析拟南芥CYP716A亚家族酶CYP716A1和CYP716A2对三萜骨架的氧化功能,并发现新颖的催化活性,为三萜类化合物的组合生物合成提供新酶。
关键发现:CYP716A1和CYP716A2均能催化α-amyrin、β-amyrin和lupeol的C-28羟基化,分别生成uvaol、erythrodiol和betulin
等 2 条
代谢工程
22α-hydroxylationArabidopsis thalianaCYP716Acombinatorial biosynthesiscytochrome P450 monooxygenasetriterpenoids
Saccharomyces cerevisiae
Saccharomyces cerevisiae
Saccharomyces cerevisiae
核心问题:解析藤仓赤霉菌(Gibberella fujikuroi)中赤霉素生物合成的调控机制,包括光照、碳源(葡萄糖)和氮源(铵离子)如何影响赤霉素产量与相关酶活性。
关键发现:光照使类胡萝卜素合成增加300倍以上,kaurene合成增加438倍
等 7 条
代谢工程
葡萄糖效应藤仓赤霉菌调控赤霉素铵抑制
Gibberella fujikuroi ...
Gibberella fujikuroi ...
Gibberella fujikuroi ...
核心问题:水稻胚乳缺乏维生素A原(β-胡萝卜素),导致以稻米为主食的人群维生素A缺乏症高发,需要通过基因工程在胚乳中建立β-胡萝卜素合成途径。
关键发现:获得黄色胚乳的转基因水稻,类胡萝卜素含量最高达1.6 μg/g胚乳(z11b系),接近2 μg/g的目标值
等 5 条
代谢工程
β-胡萝卜素基因工程水稻胚乳类胡萝卜素生物合成维生素A金色大米
水稻 (Oryza sativa) 胚乳
水稻 (Oryza sativa) 胚乳
水稻 (Oryza sativa) 胚乳
核心问题:研究细菌角鲨烯环化酶中高度保守的 Gly600 残基对底物特异性的影响,探究原核环化酶能否通过单点缺失突变变为真核型环化酶,仅识别(3S)-2,3-氧化角鲨烯。
关键发现:ΔG600 突变体对角鲨烯 (1) 和 (3R)-2,3-氧化角鲨烯 (7) 的环化活性低于检测限 (<0.2%);对 (3S)-2,3-氧化角鲨烯 (4) 的转化率为 64%,总产物产率 32%,产物 10-15 的分布比为
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代谢工程
三萜环化环化酶角鲨烯酶
核心问题:系统总结近年来发现的非经典萜类环化酶(TCs),这些酶在蛋白结构和催化机制上不同于经典的I类和II类TCs,挑战了传统分类,并探讨其催化机制对仿生合成的启示。
关键发现:CVBPO晶体结构解析至2.3 Å分辨率,亚基含595个氨基酸,六个同二聚体形成十二聚体
等 7 条
合成生物学
biomimetic synthesisterpene cyclasesterpenoid biosynthesisunconventional cyclases
Corallina officinalis
Streptomyces aculeola...
Streptomyces sp. CNH-189
核心问题:解析IspH蛋白催化HMBPP还原脱水生成IPP和DMAPP的反应机制,验证C1位是否参与反应,区分两种机理模型。
关键发现:利用[1,1-2H2]-1(总产率34%)测定IspH动力学,未观察到一级KIE,动力学参数与天然底物1完全相同
等 4 条
代谢工程
动力学反应机制同位素效应生物合成酶
核心问题:IspH蛋白催化的非甲羟戊酸途径最后一步反应——烯丙醇的还原性脱羟基——的结构与机制尚不清楚,需要阐明其催化机理、铁硫簇的作用以及构象变化的动态过程。
关键发现:IspH蛋白将HMBPP(6)转化为6:1的IPP与DMAPP混合物,而热力学平衡比为1:3
等 9 条
代谢工程
IspH proteinLytB proteindeoxyxylulose phosphate pathwayiron-sulfur clustersisoprenoid biosynthesis
Escherichia coli
Aquifex aeolicus
Thermosynechocystis e...
核心问题:揭示细菌中吲哚萜类生物碱(如xiamycin和sespenine)生物合成的分子机制及其独特环化序列
关键发现:异源表达pXU472在S. albus中产生xiamycin A(2,C23H25NO3,m/z
等 6 条
合成生物学
alkaloidsindole oxygenaseindolosesquiterpenesterpene cyclasexiamycin
Streptomyces sp. HKI0576
Streptomyces sp. HKI0576
Streptomyces sp. HKI0576