共 560 篇

cis-Prenyltransferase and Polymer Analysis from a Natural Rubber Perspective

Methods in Enzymology · 2016 · 10.1016/bs.mie.2016.02.026 · 含路线图 · 有原文

核心问题:解决使用rer2酵母突变体进行CPT互补实验时出现回复突变导致结果不可靠的问题,并建立稳定体系以验证真核CPT/CBP异源蛋白复合物的功能。

关键发现:回复突变频率约1/20,000酵母细胞 等 4 条

合成生物学 CPT结合蛋白多萜醇天然橡胶酵母互补顺式异戊烯转移酶 酿酒酵母 (Saccharomyces c... 酿酒酵母 酿酒酵母

Expression of Cellulolytic Enzyme as a Fusion Protein That Reacts Specifically With a Polymeric Scaffold

Methods in Enzymology · 2017 · 10.1016/bs.mie.2016.12.003 · 含路线图 · 有原文

核心问题:如何将纤维素酶以位点特异方式组装到合成聚合物支架上,以模拟天然纤维小体的多酶协同催化功能。

关键发现:角质酶标签为22 kDa丝氨酸酯酶 等 6 条

合成生物学 cellulasecellulosomecutinaseenzyme-polymer conjugatefusion proteinpolymer scaffold Escherichia coli Orig... Escherichia coli Orig... Escherichia coli Orig...

Identification of Enzymes Involved in Sesterterpene Biosynthesis in Marine Fungi

Methods in Enzymology · 2018 · 10.1016/bs.mie.2018.04.023 · 含路线图 · 有原文

核心问题:海洋真菌中参与 C25 骨架 sesterterpene(如 ophiobolin)生物合成的酶及其基因的鉴定方法

关键发现:Aspergillus ustus 094102 基因组大小为 40.09 Mb,由 301 个 contigs 和 174 个 scaffolds 组装而成,预测含 13,982 个蛋白编码基因,通过 antiSMASH 预测到 11 个萜烯基因簇,并利用保守基序(DDXX(D/E) 和 N... 等 4 条

合成生物学 GC-MSGene knockoutGenome miningHPLCMarine fungiOphiobolin Aspergillus ustus 094102 Aspergillus ustus 094102 Aspergillus ustus 094102

Biosynthetic potential of sesquiterpene synthases: Alternative products of tobacco 5-epi-aristolochene synthase

Archives of Biochemistry and Biophysics · 2005 · 10.1016/j.abb.2005.10.028 · 含路线图 · 有原文

核心问题:全面解析烟草5-表-马兜铃烯合酶(TEAS)的催化产物谱,鉴定并定量替代倍半萜产物,揭示其环化机理及温度对产物特异性的影响。

关键发现:室温下TEAS主产物(+)-5-epi-aristolochene占78.9%,替代产物(-)-4-epi-eremophilene占6.2%,(+)-germacrene A占3.6%,其余22种产物合计约12% 等 4 条

合成生物学 BiosynthesisElectrophilic cyclizationEnzyme mechanismGC-MSGas chromatographyIsomerization Escherichia coli BL21... Escherichia coli BL21... Escherichia coli BL21...

Exploring biosynthetic diversity with trichodiene synthase

生物化学与生物物理学报 · 2007 · 10.1016/j.abb.2007.06.016 · 含路线图 · 有原文

核心问题:探究trichodiene synthase活性位点对非天然底物(2F-FPP、4M-FPP)和阳离子中间体类似物(BTAC)的底物混杂性与结构适应性

关键发现:野生型trichodiene synthase催化FPP环化生成trichodiene (89%)和至少5种副产物(11%) 等 5 条

合成生物学 倍半萜法尼基焦磷酸萜类合酶蛋白质晶体学 Escherichia coli BL21...

Development of next generation of therapeutic IFN-α2b via genetic code expansion

Acta Biomaterialia · 2015 · 10.1016/j.actbio.2015.03.002 · 含路线图 · 有原文

核心问题:克服市售IFN-α2b PEG化产品(如PEG-INTRON、Pegasys)的异质性,优化PEG修饰的位点与大小,获得均一、单一、高活性且长循环的治疗性IFN-α2b

关键发现:['Optimized expression of soluble IFN-α2b in OrigamiB(DE3) with yield ~50 mg/L in shake flasks, about 3-fold higher than BL21(DE3)/BL21(AI), with ~... 等 7 条

合成生物学 Bio-orthogonal conjugationGenetic code expansionInterferon-α2bSite-specific PEGylation Escherichia coli Orig...

Screening and characterization of proteorhodopsin color-tuning mutations in Escherichia coli with endogenous retinal synthesis

Biochimica et Biophysica Acta (BBA) - Bioenergetics · 2008 · 10.1016/j.bbabio.2008.03.010 · 含路线图 · 有原文

核心问题:鉴定影响蛋白视紫红质光谱调谐的关键氨基酸残基,并解析其突变对光谱特性和质子泵功能的影响。

关键发现:从775个菌落中筛得53个颜色改变菌落(6.8%),最终获16个分离株,分离出20个影响光谱特性的单突变 等 3 条

合成生物学 光谱调谐膜蛋白蛋白视紫红质质子泵随机突变 Escherichia coli β/UT Escherichia coli (UT5...

Medical bioremediation: Prospects for the application of microbial catabolic diversity to aging and several major age-related diseases

Ageing Research Reviews · 2005 · 10.1016/j.arr.2005.03.008 · 含路线图 · 有原文

核心问题:衰老相关疾病中难降解物质(如脂褐素、A2E、胆固醇酯、异常蛋白聚集体)在细胞内蓄积导致细胞功能障碍,需要开发有效方法逆转这种蓄积。

关键发现:脂褐素在老年心肌细胞中可占细胞总体积约10% 等 7 条

合成生物学 AggregatesAtherosclerosisBacteriaBioremediationCatabolismLysosomes 人类动脉巨噬细胞(泡沫细胞) 人类动脉巨噬细胞、神经元、视网膜色素上皮细胞 视网膜色素上皮细胞

Assembly of functional photosystem complexes in Rhodobacter sphaeroides incorporating carotenoids from the spirilloxanthin pathway

Biochimica et Biophysica Acta - Bioenergetics · 2014 · 10.1016/j.bbabio.2014.10.004 · 含路线图 · 有原文

核心问题:如何通过基因组替换将非内源的螺旋藻黄素途径类胡萝卜素引入Rhodobacter sphaeroides,并评估这些类胡萝卜素对光合色素蛋白复合物(LH2和RC-LH1-PuFX)组装及能量传递效率的影响。

关键发现:类胡萝卜素到细菌叶绿素的能量传递效率:neurosporene (N=9) 94%,spheroidene (N=10) 96%,spheroidenone (N=11) 95%,lycopene (N=11) 64%,rhodopin (N=11) 62%,spirilloxanthin (... 等 5 条

合成生物学 AntennaBacterial photosynthesisCarotenoidLight harvestingMembrane proteinSynthetic biology Rhodobacter sphaeroides Rhodobacter sphaeroides Rhodobacter sphaeroides

Biosynthetic machinery for \mathbf{C}_{25},\mathbf{C}_{25}-diether archaeal lipids from the hyperthermophilic archaeon Aeropyrum pernix

Biochemical and Biophysical Research Communications · 2018 · 10.1016/j.bbrc.2018.02.028 · 含路线图 · 有原文

核心问题:解析超嗜热古菌Aeropyrum pernix中C25,C25-二醚古菌脂质(extended diether lipids)生物合成所涉及的酶,并实现在大肠杆菌中的异源重构。

关键发现:APE_0621催化[14C]GFPP与G1P生成GFGP(产物Rf=0.77),而S. solfataricus GGGP合酶不能利用GFPP;APE_0159以GFPP和GFGP为最适底物,产物Rf=0.33,而用GGPP/GFGP或GFPP/GGGP时产物量较低;在E. coli中表达G... 等 3 条

合成生物学 ArchaeaArchaeal lipidHyperthermophileIsoprenoidPhenyltransferasePhospholipid Escherichia coli Escherichia coli Escherichia coli

Concise synthesis of artemisinin from a farnesyl diphosphate analogue

Bioorganic & Medicinal Chemistry · 2017 · 10.1016/j.bmc.2017.03.068 · 含路线图 · 有原文

核心问题:青蒿素现有合成路线冗长、产率低,市场价格波动大,需要开发更简洁高效的合成方法。

关键发现:ADS催化12-羟基FDP环化生成二氢青蒿素醛的收率为34% 等 4 条

合成生物学 Amorphadiene synthaseArtemisininDihydroartemisinic acidDihydroartemisinic aldehydeFarnesyl diphosphateMalaria E. coli BL21

Identification and functional analysis of brassiccene C biosynthetic gene cluster in Alternaria brassicicola

Bioorganic & Medicinal Chemistry Letters · 2008 · 10.1016/j.bmcl.2008.11.108 · 含路线图 · 有原文

核心问题:从基因组数据库中鉴定芸苔菌素C(brassicicene C)的生物合成基因簇,并解析关键酶的催化功能,为利用基因工程改造二萜类化合物的产生提供基础。

关键发现:从13.2 L培养液中提取并纯化得到2.9 mg brassicicene C,分子式C21H32O4 等 5 条

合成生物学 BiosynthesisBrassiccene CDiterpene Alternaria brassicico... Escherichia coli M15 Escherichia coli M15

Functional analyses of cytochrome P450 genes responsible for the early steps of brassicicene C biosynthesis

Bioorganic & Medicinal Chemistry Letters · 2009 · 10.1016/j.bmcl.2009.08.026 · 含路线图 · 有原文

核心问题:解析芸苔链格孢菌中brassicicene C生物合成早期步骤中细胞色素P450酶的功能,即fuscocadiene(FD)生成后先后的羟基化反应由哪些P450催化。

关键发现:Orf1催化FD生成FD 8β-醇(4),Orf7催化FD 8β-醇生成FD 8β,16-二醇(5) 等 5 条

合成生物学 BiosynthesisBrassicicene CCytochrome P450Diterpene Saccharomyces cerevis... Saccharomyces cerevis... Saccharomyces cerevis...

Cis- and trans-regulatory elements of 3α-hydroxysteroid dehydrogenase/carbonyl reductase as biosensor system for steroid determination in the environment

Chemico-Biological Interactions · 2008 · 10.1016/j.cbi.2008.10.012 · 含路线图 · 有原文

核心问题:环境中类固醇激素的检测方法昂贵、复杂且灵敏度不足,急需便宜、简便、灵敏的检测系统。

关键发现:细胞型生物传感器可检测睾酮57-450 ng/ml、雌二醇1.6-12.8 ng/ml、胆固醇19.3-154.4 ng/ml 等 2 条

合成生物学 3α-Hydroxysteroid dehydrogenase/carbonyl reductaseBiosensorComamonas testosteroniSteroid determination Comamonas testosteron... Comamonas testosteron... Comamonas testosteron...

Unearthing the roots of the terpenome

Current Opinion in Chemical Biology · 2008 · 10.1016/j.cbpa.2007.12.008 · 含路线图 · 有原文

核心问题:萜类合酶如何通过活性位点模板的宽松性产生萜类化合物的巨大结构多样性,以及这种模板如何通过突变进化出新的催化功能。

关键发现:萜类天然产物已发现超过55,000种。γ-humulene合成酶可产生52种不同产物,其中γ-humulene仅占28.6%。FPPase突变体的活性位点加深后可合成含多达14个异戊二烯单元的聚异戊二烯焦磷酸。仅替换1个活性位点残基即可将isokaurene合酶或abietadiene合酶转化...

合成生物学 cyclizationisoprenoid couplingterpenoid synthaseterpenome Escherichia coli Sinapis alba Artemisia tridentata ...

Genes and enzymes involved in bacterial isoprenoid biosynthesis

Current Opinion in Chemical Biology · 2009 · 10.1016/j.cbpa.2009.02.029 · 含路线图 · 有原文

核心问题:解析细菌类异戊二烯(萜类)生物合成中涉及的基因、酶及其催化机制,特别是环化反应和后续修饰反应如何产生结构多样性。

关键发现:SCO6073编码的双功能germacradienol/geosmin合酶能催化FPP到geosmin的完整转化,N端活性位点生成germacradienol,C端活性位点将其转化为geosmin 等 6 条

合成生物学 MEP pathwaybacterial isoprenoidscyclasesgene clustersmevalonate pathwayterpenoid biosynthesis Streptomyces coelicolor Streptomyces avermitilis Streptomyces coelicolor

Bacterial diterpene synthases: new opportunities for mechanistic enzymology and engineered biosynthesis

Current Opinion in Chemical Biology · 2012 · 10.1016/j.cbpa.2012.03.002 · 含路线图 · 有原文

核心问题:细菌二萜合酶(DTS)的序列多样性使得其发现和机制研究面临挑战,同时其在工程化生物合成中的潜力有待挖掘。

关键发现:['萜类总数约60000种,其中二萜约12000种,细菌来源的相对较少但潜力巨大。', '已鉴定出16个细菌DTS,其中I型DTS平均成对序列同一性仅13%,任意比对不超过20%,而植物和真菌I型DTS分别为28%和25%。', '单个二萜合成酶可产生超过50种产物,如γ-humulene s...

合成生物学 bacterial diterpene synthasesditerpenoid biosynthesismechanistic enzymologymetabolic engineeringterpenoid natural products Streptomyces griseolo... Streptomyces griseolo... Mycobacterium tubercu...

Harvesting the biosynthetic machineries that cultivate a variety of indispensable plant natural products

Current Opinion in Chemical Biology · 2016 · 10.1016/j.cbpa.2016.01.008 · 含路线图 · 有原文

核心问题:解析植物天然产物生物合成途径中非经典酶和代谢区室化机制,以促进这些重要化合物的异源生产和应用。

关键发现:在啤酒花中,6-异戊烯基柚皮素和8-异戊烯基柚皮素的产量大致相等,二者各占总异戊烯基黄酮的1-2% 等 6 条

合成生物学 代谢区室大麻素生物合成植物天然产物聚酮合酶芳香异戊烯基转移酶顺式异戊烯基转移酶 Hypericum calycinum Petroselinum crispum Citrus limon

Alkylating enzymes

Current Opinion in Chemical Biology · 2013 · 10.1016/j.cbpa.2013.02.016 · 含路线图 · 有原文

核心问题:天然产物中甲基、异戊烯基和C-糖苷等烷基化修饰的化学合成具有化学选择性差、区域选择性不理想、步骤繁多等问题,缺乏高效绿色的方法。

关键发现:α-pinene合酶转化GDP生成α-pinene,经氧化得到(+)-verbenone,产率150 mg/l,ee>98% 等 8 条

合成生物学 天然产物异戊烯基转移酶烷基化生物催化甲基转移酶 体外酶催化 Saccharomyces cerevisiae Saccharomyces cerevisiae

Engineering and application of P450 monooxygenases in pharmaceutical and metabolite synthesis

Current Opinion in Chemical Biology · 2013 · 10.1016/j.cbpa.2013.01.028 · 含路线图 · 有原文

核心问题:P450单加氧酶在实际应用中面临稳定性差、底物特异性窄、电子传递复杂等问题,如何通过分子工程和反应工程手段将其高效应用于药物代谢物及药物合成。

关键发现:120个工程化和嵌合P450 BM3变体可产生维拉帕米、阿司咪唑和LY294002的13个人类代谢产物中的12个 等 4 条

合成生物学 Cytochrome P450 monooxygenaseartemisinindrug metabolite synthesisprotein engineeringultrasound Bacillus megaterium (... Escherichia coli