Progress in research on paclitaxel and tumor immunotherapy
· 2019
· 10.1186/s11658-019-0164-y
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核心问题：紫杉醇天然来源有限、产量低、化学合成成本高，且其生物合成途径复杂尚不完全清楚；同时紫杉醇在肿瘤免疫治疗中的作用机制有待深入阐明。
关键发现：紫杉醇促进微管聚合并抑制解聚 等 10 条
A comparative transcriptome analysis of the novel obligate methanotroph Methylomonas sp. DH-1 reveals key differences in transcriptional responses in C1 and secondary metabolite pathways during growth on methane and methanol
BMC Genomics · 2019
· 10.1186/s12864-019-5487-6
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核心问题：阐明新型专性甲烷氧化菌Methylomonas sp. DH-1在以甲烷和甲醇为唯一碳源时的全局转录组差异，揭示C1同化与次级代谢途径中的关键转录响应机制
关键发现：在甲烷和甲醇培养下，分析了4318个染色体CDS和242个质粒CDS，平均每个样本获得约30 million reads，Q30>96%，98% reads比对到参考基因组 等 14 条
Regulation of terpenoid biosynthesis by miRNA in Persicaria minor induced by Fusarium oxysporum
BMC Genomics · 2019
· 10.1186/s12864-019-5954-0
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核心问题：解析尖孢镰刀菌（Fusarium oxysporum）诱导下小蓟（Persicaria minor）中miRNA对萜类生物合成的调控机制；此前该植物中miRNA参与萜类调控的作用仍不清楚，需要探索。
关键发现：SPME GC-MS分析显示接种尖孢镰刀菌后第6天（6 dpi）萜类积累最高，其中α-雪松烯（α-cedrene）、朱栾倍半萜（valencene）和β-红没药烯（β-bisabolene）显著增加。共鉴定到58个显著差异表达miRNA（分属30个家族），摘要报告33个上调、25个下调（结果部... 等 4 条
De novo leaf and root transcriptome analysis to explore biosynthetic pathway of Celangulin V in Celastrus angulatus maxim
BMC Genomics · 2019
· 10.1186/s12864-018-5397-z
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核心问题：苦皮藤素V（Celangulin V）是苦皮藤中的高效杀虫倍半萜化合物，但产量低、供应不连续限制了其应用，而其生物合成途径尚不清楚，缺乏基因组/转录组资源，难以通过合成生物学实现可持续生产。
关键发现：共获得104,950个unigenes，平均长度1200 bp 等 6 条
Transcriptomic profiling reveals MEP pathway contributing to ginsenoside biosynthesis in Panax ginseng
BMC Genomics · 2019
· 10.1186/s12864-019-5718-x
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核心问题：揭示人参中MEP途径参与人参皂苷生物合成的基因表达特征，并识别MEP途径中的关键酶，为合成生物学调控人参皂苷代谢提供转录组学依据。
关键发现：de novo组装得到48,165个unigenes，N50为1667 bp，平均长度为1268 bp 等 10 条
Deregulation of phytoene- \beta - carotene synthase results in derepression of astaxanthin synthesis at high glucose concentration in Phaffia rhodozyma astaxanthin-overproducing strain MK19
BMC Microbiology · 2019
· 10.1186/s12866-019-1507-6
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核心问题：高葡萄糖浓度（>100 g/L）对法夫酵母（Phaffia rhodozyma）虾青素合成的强烈抑制作用及其分子机制尚不清楚，严重制约工业化生产。
关键发现：野生型JCM9042在110 g/L葡萄糖下，24-72 h的β-胡萝卜素含量仅为40 g/L时的14%-17%，总类胡萝卜素降低2-3倍 等 5 条
The role of fluconazole in the regulation of fatty acid and unsaponifiable matter biosynthesis in Schizochytrium sp. MYA 1381
BMC Microbiology · 2019
· 10.1186/s12866-019-1622-4
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核心问题：不皂化物（UM）生物合成与脂肪酸积累之间的关联尚不明确，制约了裂殖壶菌（Schizochytrium）中多不饱和脂肪酸（尤其是DHA）产量的进一步提升。
关键发现：['在48 h添加60 mg/L氟康唑，96 h时总脂（TLs）较对照提高16%，达到25.3 g/L', '氟康唑组胆固醇含量下降8%，角鲨烯含量在72 h提高45%', 'β-胡萝卜素产量在96 h达到253.5 μg/L，较对照提高53%', '96 h时细胞内NADPH含量为13.7 ...
Transcriptome analyses provide insights into the expression pattern and sequence similarity of several taxol biosynthesis-related genes in three Taxus species
BMC Plant Biology · 2019
· 10.1186/s12870-019-1645-x
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核心问题：紫杉醇在不同红豆杉种间的积累差异显著，但其分子机制尚不清楚，需通过比较转录组分析阐明差异表达基因和序列相似性与紫杉醇含量差异的关系。
关键发现：T. cuspidata紫杉醇含量最高（1.67 mg/g DW），T. mairei最低（0.66 mg/g DW） 等 7 条
Deficiency of valencene in mandarin hybrids is associated with a deletion in the promoter region of the valencene synthase gene
BMC Plant Biology · 2019
· 10.1186/s12870-019-1701-6
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核心问题：解析部分柑桔杂交种中香芹酮（valencene）缺乏的分子机制。
关键发现：['Fortune×Murcott F1群体中香芹酮表型分离为45:47（未检出:检出），符合1:1比例（χ2=0.134）。', 'QTL分析检测到一个与香芹酮含量相关的显性位点，LOD值为17.2，解释表型方差达59.8%。', 'Fortune和Murcott的Cstps1 cDNA均包... 等 2 条
Functional characterization of the cytochrome P450 monooxygenase CYP71AU87 indicates a role in marrubiin biosynthesis in the medicinal plant Marrubium vulgare
BMC Plant Biology · 2019
· 10.1186/s12870-019-1702-5
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核心问题：解析药用植物夏至草（Marrubium vulgare）中马鲁比因（marrubiin）生物合成途径中细胞色素P450单加氧酶（CYP71AU87）的功能，为马鲁比因及相关活性二萜的代谢工程生产提供酶学资源。
关键发现：从夏至草叶片转录组中鉴定出95个全长P450候选基因 等 6 条
Co-expression of anti-miR319g and miRStv_11 lead to enhanced steviol glycosides content in Stevia rebaudiana
BMC Plant Biology · 2019
· 10.1186/s12870-019-1871-2
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核心问题：甜叶菊中甜菊糖苷含量较低且Rebaudioside-A与Stevioside比例不佳，影响甜味剂品质和口感，需要提高目标糖苷含量并优化比例。
关键发现：过表达miR319g使成熟miR319g表达提高6.5倍，靶基因KO、KS、UGT85C2分别降低11、5、3倍 等 9 条
Full-length transcriptome sequencing and methyl jasmonate-induced expression profile analysis of genes related to patchouloi biosynthesis and regulation in Pogostemon cablin
BMC Plant Biology · 2019
· 10.1186/s12870-019-1884-x
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核心问题：广藿香醇是广藿香的主要活性成分，但缺乏全长转录组数据，且对茉莉酸甲酯（MeJA）调控广藿香醇生物合成相关基因的表达模式了解有限，限制了该生物合成途径的解析和利用。
关键发现：获得9.7 Gb PacBio测序数据，包含502,101个ROI和379,146个FLNC读长，经聚类得到251,015个共有转录本，最终重建82,335个全长UniTransModels；鉴定出102个转录本编码16个参与广藿香醇生物合成的酶，其中MVA途径32个转录本（AACT 等 14 条
Iso-Seq analysis of the Taxus cuspidata transcriptome reveals the complexity of Taxol biosynthesis
BMC Plant Biology · 2019
· 10.1186/s12870-019-1809-8
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核心问题：紫杉醇生物合成途径尚不完全清楚，导致其供应不足，需要从转录组水平挖掘参与紫杉醇生物合成的候选基因（如CYP450、BAHD酰基转移酶和转录因子），并解析其调控机制。
关键发现：共获得5,678,524个subreads，平均长度2047 bp；得到568,432个CCS；最终获得148,038个非冗余转录本，经Cogent重建得到58,602个unigenes（13,636个UniTransModels + 44,966个singletons）；BUSCO评估显示9... 等 7 条
Constitutive and induced insect resistance in RNAi-mediated ultra-low gossypol cottonseed cotton
BMC Plant Biology · 2019
· 10.1186/s12870-019-1921-9
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核心问题：利用RNAi技术培育的籽棉超低棉酚棉花（ULGCS）在降低种子棉酚含量的同时，是否会影响植株的组成型和诱导型昆虫抗性，尤其是针对鳞翅目害虫的萜烯类防御能力。
关键发现：子叶中棉酚浓度大幅降低，RNAi 1品系在第1天和第4天分别有28.6%和20.0%的植株检测不到棉酚，RNAi 2分别为33.3%和38.9% 等 5 条
Metabolic flux analysis for metabolome data validation of naturally xylose-fermenting yeasts
BMC Biotechnology · 2019
· 10.1186/s12896-019-0548-0
· 含路线图 · 有原文
核心问题：验证天然木糖发酵酵母胞内代谢物数据，并阐明木糖代谢的碳通量分布及辅因子平衡问题
关键发现：构建的化学计量模型包含39个胞内反应和35个代谢物，自由度为4。通过MFA验证了11种胞内代谢物，其中80%的代谢物（S. stipitis 8/10，S. arborariae 7/10，S. passalidarum 9/11）与模型计算通量相关性高于90%。果糖-6-磷酸、葡萄糖-6-磷... 等 2 条
Identification and characterization of the GmRD26 soybean promoter in response to abiotic stresses: potential tool for biotechnological application
BMC Biotechnology · 2019
· 10.1186/s12896-019-0561-3
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核心问题：鉴定和表征干旱等非生物胁迫响应的大豆GmRD26启动子，以开发可用于胁迫诱导基因表达的植物生物技术工具。
关键发现：GmRD26基因在干旱、ABA和PEG处理后表达上调，在耐旱品种Embrapa48中的表达显著高于敏感品种BR16 等 5 条
High-titer production of 13R-manoyl oxide in metabolically engineered Saccharomyces cerevisiae
Microbial Cell Factories · 2019
· 10.1186/s12934-019-1123-z
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核心问题：二萜类化合物在植物中含量低、结构复杂，难以通过化学合成或植物提取实现商业化生产，需要构建高效的微生物细胞工厂。
关键发现：初始菌株GW-1仅产2.31 mg/L 13R-MO 等 2 条
Challenges and tackles in metabolic engineering for microbial production of carotenoids
Microbial Cell Factories · 2019
· 10.1186/s12934-019-1105-1
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核心问题：类胡萝卜素微生物生产中产量受限、产物毒性、膜储存空间不足以及稀有类胡萝卜素和衍生物合成途径缺乏等问题。
关键发现：Blakeslea trispora经氧传递速率控制(OTR 20.5 mM/L/h)产生β-胡萝卜素704.1 mg/L，添加番茄红素环化酶抑制剂产生番茄红素256 mg/L 等 9 条
Metabolic perturbations in mutants of glucose transporters and their applications in metabolite production in Escherichia coli
Microbial Cell Factories · 2019
· 10.1186/s12934-019-1224-8
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核心问题：快速生长的大肠杆菌在富葡萄糖有氧条件下产生乙酸溢出，导致发酵液酸化、生长抑制和产物产率下降。需要找到一种策略来缓解溢出代谢并提高产物比产率。
关键发现：与野生型ST1相比，ST2（ΔptsG）和ST8（ΔptsG ΔmglB ΔmalE ΔgalP）的最大OD600分别提高56%和77%，比生长速率从0.87/h降至0.34/h和0.33/h（降低61%），葡萄糖摄取率分别降低41%和69%，乙酸产量从3.2 g/L降至0.24 g/L和0.... 等 4 条
Mevalonate production from ethanol by direct conversion through acetyl-CoA using recombinant Pseudomonas putida, a novel biocatalyst for terpenoid production
Microbial Cell Factories · 2019
· 10.1186/s12934-019-1213-y
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核心问题：如何利用乙醇作为碳源，通过恶臭假单胞菌高效生产甲羟戊酸（萜类合成的重要前体），并克服异源表达不稳定、乙酸积累和碳流分配等问题。
关键发现：['在200 mM乙醇条件下，初始重组菌ELPP010可生产1.70 g/L甲羟戊酸；通过遗传稳定性改良和乙醇代谢操纵（ELPP211），产量提高至4.07 g/L，提升2.39倍（1.70 vs 等 6 条