Engineering Yarrowia lipolytica for the production of \beta-carotene by carbon and redox rebalancing

核心问题：在解脂耶氏酵母中对中心碳代谢和氧化还原平衡进行重塑，以提高β-胡萝卜素的产量，并解决番茄红素底物抑制和辅因子供应不足等问题。

关键发现：初始菌株YB1仅产6.9 mg/L β-胡萝卜素 等 6 条

Pamoic acid and carbenoxolone specifically inhibit CRISPR/Cas9 in bacteria, mammalian cells, and mice in a DNA topology-specific manner

核心问题：缺乏能够调控CRISPR/Cas9活性的特异性小分子抑制剂，尤其缺乏具有DNA拓扑选择性的抑制剂，难以控制Cas9的基因编辑活性及其脱靶效应

关键发现：从4607个化合物中筛出31个剂量依赖性抑制SpyCas9的化合物，其中pamoic acid、dalbavancin、carbenoxolone和epirubicin在体外、细菌、哺乳动物细胞和小鼠中均有效。epirubicin对SpyCas9质粒切割的IC50为2-5 μM，dalbava... 等 2 条

Advances in the sustainable biosynthesis of valuable terpenoid flavor compounds and precursors in micro-organisms

核心问题：传统植物提取和化学合成萜类香料面临原材料含量低、提取成本高、环境污染等问题，难以满足市场需求；需要开发基于微生物细胞工厂的绿色高效合成路线，以提高萜类风味化合物及其前体的产量和经济性。

关键发现：在酿酒酵母中通过代谢工程优化中心碳代谢，β-法尼烯在20万升工业发酵罐中产量达130 g/L，生产效率2.24 g/L/h 等 9 条

Cinnamyl alcohol dehydrogenase downregulation in poplar wood increases saccharification after dilute acid pretreatment: a key role for lignin revealed by a multimodal investigation

核心问题：稀酸预处理是经济有效的木质纤维素预处理方式，但此前对CAD1下调的hpCAD杨木仅测试了单一低温条件且未获得糖化改善。本研究旨在系统评估不同严重程度（CSF）的稀酸预处理对hpCAD杨木糖化效果的影响，并阐明木质素结构改变的作用机制。

关键发现：在CSF 等 4 条

Label-free isolation of lipid-rich Saccharomyces cerevisiae mutant by high-throughput flow-mode Raman-activated cell sorting and multi-omics analysis for uncovering the mechanism of enhanced lipid accumulation

核心问题：酿酒酵母虽富含棕榈油酸但脂质含量低，需提高其脂质含量以可持续生产棕榈油酸，并解析高产脂突变体的机制。

关键发现：获得突变株MU2R48，其脂质含量为40.26%，较原始菌株SC018相对提高30.85% 等 7 条

Synergetic effect of fungal pretreatment and lignin modification on delignification and saccharification: a case study of a natural lignin mutant in mulberry

核心问题：木质纤维素生物炼制中，预处理和木质素结构是顽固性的主要瓶颈；是否将真菌预处理与木质素修饰（特别是CAD缺失）结合能提高脱木质素和糖化效率尚不清楚。

关键发现：['纯合子（cad/cad）木材的Klason木质素含量为22.2%，显著低于杂合子（24.9%） 等 3 条

Development of a β-glucosidase improved for glucose retroinhibition for cellulosic ethanol production: an integrated bioinformatics and genetic engineering approach

核心问题：β-葡萄糖苷酶在纤维素乙醇生产中易被其最终产物葡萄糖反馈抑制，导致酶解效率低，需提高其催化活性和葡萄糖耐受性。

关键发现：突变体W404L在含葡萄糖条件下活性为野生型的3.2倍 等 4 条

Bio-Based Approaches for Selective Cyclization

核心问题：如何利用天然环化酶（如萜烯环化酶、Pictet-Spengler酶等）实现选择性环化，以高效、可持续地合成药物相关的复杂环状天然产物？

关键发现：青霉素已拯救超过5亿生命 等 4 条

Comparative transcriptome analysis of different tissues of Hylomecon japonica provides new insights into the biosynthesis pathway of triterpenoid saponins

核心问题：阐明荷青花（Hylomecon japonica）三萜皂苷的生物合成途径及其关键酶基因，为通过遗传/代谢工程提高三萜皂苷产量奠定基础

关键发现：共获得99,404个unigenes，平均长度1595 bp，N50为2335 bp，GC含量39.43% 等 7 条

Yarrowia lipolytica as a promising cell factory for microbial production of value-added nutraceuticals

核心问题：传统植物提取与化学合成法生产营养保健品存在产量低、季节性、环境问题与规模化限制，亟需建立可持续的微生物细胞工厂；解脂耶氏酵母虽具有产乙酰-CoA前体等优势，但需克服代谢瓶颈、前体供给不足及产物毒性等挑战。

关键发现：β-胡萝卜素产量达39.5 g/L 等 18 条

Edible mushrooms as emerging biofactories for natural therapeutics and oral biopharmaceutical delivery

核心问题：如何利用食用菌作为生物工厂，实现天然治疗分子和口服生物制药的可持续生产与递送，并克服传统表达系统在蛋白加工、口服递送和安全性方面的局限。

关键发现：灰盖鬼伞(Coprinopsis cinerea)成功表达灵芝免疫调节蛋白FIP-gsi，产量约0.3 mg/g鲜菌丝体且保持生物活性 等 4 条

Genome-wide identification and expression analysis of the WRKY transcription factors related to sesquiterpenes biosynthesis in Atractylodes lancea

核心问题：解析茅苍术（Atractylodes lancea）中WRKY转录因子对倍半萜生物合成的调控机制，阐明不同地理种群中倍半萜含量差异的分子基础。

关键发现：鉴定出65个AlWRKY基因，分为Group I（17个）、Group II（33个）和Group III（15个），其中Group II又分为5个亚组 等 7 条

Obtaining new brewing yeasts using regional Chilean wine yeasts through an adaptive evolution program

核心问题：非酿造酵母（如葡萄酒酵母）难以在啤酒酿造条件下（高渗透压、低温、麦芽糖和麦芽三糖为主要碳源）高效发酵，导致啤酒菌株选择有限，风味单一。

关键发现：50株初筛中22株能消耗麦芽三糖，选出13株，最终选出5株（L170、L261、L718、L169、L167）及8ji进行适应性进化。600代进化后，L261 col5 max能在29°P高浓度麦芽汁、18°C、无振荡条件下发酵。在天然Pale Ale麦芽汁中（初始糖：麦芽糖65.6 g/L，... 等 3 条

Plant-based secondary metabolites as natural remedies: a comprehensive review on terpenes and their therapeutic applications

核心问题：萜烯作为最大类别的植物次生代谢产物，具有广泛的生物活性，但其在代谢疾病中的治疗潜力与作用机制尚未被系统阐明。

关键发现：萜烯包含超过30,000种化合物，通过MVA和MEP途径合成 等 2 条

Multi-omics analysis of Taiwanofungus gaoligongensis: effects of different cultivation methods on secondary metabolites

核心问题：解析不同栽培方法对台湾灵芝（Taiwanofungus gaoligongensis）次级代谢产物（特别是萜类、antcin类及antrodin C）积累的影响，并揭示其生物合成的转录调控机制。

关键发现：在菌包栽培（NZJB和XZJB）中，三萜含量分别比大米培养基（DM）高7倍和3.9倍 等 8 条

Cinnabar-induced hormesis in Trichoderma longibrachiatum MD33: multi-omics elucidation of a fungal-specific dendrobine biosynthesis pathway

核心问题：解析Trichoderma longibrachiatum MD33中石斛碱生物合成的真菌特异性途径及其调控机制，并阐明朱砂（HgS）诱导的hormesis效应与阈值，为可持续生产石斛碱提供代谢工程改造基础。

关键发现：对照组石斛碱产量0.433 ng/mL 等 5 条

Multi-omics reveals the regulatory effects of Chinese herbal medicine substrates on secondary metabolite biosynthesis in Inonotus glomeratus

核心问题：探究不同中药粉末作为培养基对Inonotus glomeratus次级代谢产物（尤其是萜类和黄酮类）生物合成的影响及其转录调控机制。

关键发现：组装获得I. glomeratus基因组38.68 Mb，含23个scaffolds，GC含量47.98%，编码8,944个蛋白编码基因 等 4 条

Correction: Biotechnological production of terpenoids using cell factories

核心问题：更正原论文中作者单位的错误顺序以及作者Yalan Si遗漏的第一单位归属问题

Systematic characterization and functional analysis of trans-prenyltransferases in Curcuma wenyujin

核心问题：系统鉴定和功能解析温郁金（Curcuma wenyujin）中的trans-异戊烯基转移酶（trans-PTs），揭示其在萜类生物合成中的角色。

关键发现：从温郁金转录组中鉴定出8个trans-CwPTs，其中5个为GGPS、2个为SPS、1个为FPS 等 7 条

Integration of metabolomics and transcriptomics unravels the identification of TPS gene family and functional characterization. of a sesquiterpenoid synthesis gene in Curcuma kwangsiensis

核心问题：广西莪术(Curcuma kwangsiensis)的倍半萜代谢谱尚未被系统表征，其萜烯合酶(TPS)基因家族也未被鉴定，制约了其倍半萜活性成分生物合成途径的解析。

关键发现：根茎中177种萜类代谢物上调，块根中175种萜类代谢物上调，其中163种共有 等 6 条