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Bioactive specialized metabolites from Staphylococcus: diversity, biosynthesis and biotechnological potential

作者
Ruben Maes, Mahmoud Naser Aldine, Hans Gerstmans, Chris Michiels, Joleen Masschelein
单位
Department of Biology, KU Leuven, 3001 Leuven, Belgium; VIB-KU Leuven Center for Microbiology, Flanders Institute for Biotechnology, 3001 Leuven, Belgium; Department of Microbial and Molecular Systems, KU Leuven, 3001 Leuven, Belgium
杂志
ChemBioChem(2025)
DOI
10.1002/cbic.202500105
所属领域
合成生物学
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解决的核心问题

系统梳理葡萄球菌属产生的生物活性次级代谢物(包括核糖体合成和翻译后修饰肽、非核糖体肽、萜烯和铁载体等)的化学多样性、生物合成途径、作用机制及工业化应用潜力,并探讨如何挖掘尚未表征的隐性生物合成基因簇。

研究策略

以综述形式,按代谢物类别总结已知葡萄球菌天然产物,重点介绍其生物合成基因簇、酶学机制、抗菌和免疫调节活性,并讨论基因组挖掘、异源表达和 CRISPR 等工具在解锁隐性基因簇中的应用。

研究路线图

核心问题:葡萄球菌生物活性代谢物多样性及生物合成
策略:系统综述已知代谢物与生物合成基因簇
关键改造:基因组挖掘、异源表达与CRISPR
关键发现:新型羊毛硫抗生素与硫肽生物合成机制
代谢物类别:RiPPs、NRPs、萜烯、铁载体
代表性实例:Pep5、epicidin 280、homicoricin、nisin J
生物合成酶学:脱水酶、环化酶、转运蛋白、蛋白酶
结果:葡萄球菌为天然产物丰富来源
结论:体外活性突出、医学应用前景广阔
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核心内容

该综述系统梳理了葡萄球菌属产生的生物活性次级代谢物的化学多样性、生物合成机制及应用潜力。作者按代谢物类别总结了已知的天然产物,涵盖羊毛硫抗生素、硫肽、套索肽、非核糖体肽及铁载体等,并重点分析了各类生物合成基因簇的酶学机制。其中,homicoricin 与 epicidin 280 核心肽序列相似性高达82%,基因簇同源性为81–94%;micrococcin P1 的合成基因簇位于24 kb质粒上,由11个基因组成。Nisin J 对13株测试菌中的12株抑制活性强于 Nisin A,而表皮素/加里德菌素通过结合 lipid I-II 抑制细胞壁合成并成孔。此外,该综述讨论了基因组挖掘、异源表达及 CRISPR 工具在解锁隐性生物合成基因簇中的应用前景,指出葡萄球菌作为生物活性分子来源的巨大潜力,可为应对耐药菌感染及开发新型生物制剂提供新途径。

创新点

全面汇总了葡萄球菌产生的已知生物活性代谢物,特别强调了新型羊毛硫抗生素(如 homicoricin、romsacin)和硫肽 micrococcin P1 的独特生物合成机制,提出了利用生物信息学、异源表达和合成生物学策略来发掘葡萄球菌隐藏天然产物潜力。

研究对象(40)

底盘细胞代谢通路基因蛋白功能说明
Staphylococcus epidermidis 羊毛硫抗生素生物合成 epiB EpiB 催化 脱水酶,催化 Ser/Thr 脱水形成 Dha/Dhb
Staphylococcus epidermidis 羊毛硫抗生素生物合成 epiC EpiC 催化 环化酶,催化硫醚键形成
Staphylococcus epidermidis 羊毛硫抗生素生物合成 epiD EpiD 催化 FMN 依赖氧化脱羧酶,形成氨基乙烯基半胱氨酸
Staphylococcus epidermidis 羊毛硫抗生素生物合成 epiP EpiP 催化 丝氨酸蛋白酶,切除前导肽
Staphylococcus epidermidis 羊毛硫抗生素生物合成 epiT EpiT 转运 ABC 转运蛋白,分泌成熟肽
Staphylococcus epidermidis 羊毛硫抗生素生物合成 epiQ EpiQ 调控 转录激活因子,结合启动子回文序列
Staphylococcus epidermidis 羊毛硫抗生素生物合成 pepB PepB 催化 脱水酶,催化 Pep5 中 Ser/Thr 脱水
Staphylococcus epidermidis 羊毛硫抗生素生物合成 pepC PepC 催化 环化酶,形成羊毛硫氨酸结构
Staphylococcus epidermidis 羊毛硫抗生素生物合成 pepT PepT 转运 ABC 转运蛋白,介导 Pep5 分泌
Staphylococcus epidermidis BN 28o 羊毛硫抗生素生物合成 eciB EciB 催化 脱水酶,催化 Ser 脱水形成 Dha
Staphylococcus epidermidis BN 28o 羊毛硫抗生素生物合成 eciC EciC 催化 环化酶,形成硫醚环
Staphylococcus epidermidis BN 28o 羊毛硫抗生素生物合成 eciO EciO 催化 氧化还原酶,将 N-端 2-氧丙酰基还原为 2-羟丙酰基
Staphylococcus epidermidis BN 28o 羊毛硫抗生素生物合成 eciP EciP 催化 蛋白酶,切除前导肽
Staphylococcus hominis MBL_AB63 羊毛硫抗生素生物合成 homB HomB 催化 脱水酶
Staphylococcus hominis MBL_AB63 羊毛硫抗生素生物合成 homC HomC 催化 环化酶
Staphylococcus hominis MBL_AB63 羊毛硫抗生素生物合成 homO HomO 催化 氧化还原酶,还原 N-端 2-氧丙酰基
Staphylococcus hominis MBL_AB63 羊毛硫抗生素生物合成 homP HomP 催化 蛋白酶,切除前导肽
Staphylococcus epidermidis K7 羊毛硫抗生素生物合成 elkP ElkP 催化 蛋白酶,切除前导肽
Staphylococcus epidermidis K7 羊毛硫抗生素生物合成 elkT ElkT 转运 ABC 转运蛋白,分泌 epilancin K7
Staphylococcus epidermidis 15X154 羊毛硫抗生素生物合成 elxB ElxB 催化 脱水酶
Staphylococcus epidermidis 15X154 羊毛硫抗生素生物合成 elxC ElxC 催化 环化酶
Staphylococcus epidermidis 15X154 羊毛硫抗生素生物合成 elxO ElxO 催化 氧化还原酶
Staphylococcus epidermidis 15X154 羊毛硫抗生素生物合成 elxP ElxP 催化 蛋白酶
Staphylococcus epidermidis 15X154 羊毛硫抗生素生物合成 elxT ElxT 转运 ABC 转运蛋白
Staphylococcus warneri ISK-1 羊毛硫抗生素生物合成 nukM NukM 催化 双功能修饰酶,含脱水酶和环化酶结构域
Staphylococcus warneri ISK-1 羊毛硫抗生素生物合成 nukT NukT 转运 ABC 转运蛋白,兼有前导肽切除功能
Staphylococcus warneri ISK-1 羊毛硫抗生素生物合成 nukF NukF 转运 ABC 转运蛋白组分,参与免疫和分泌
Staphylococcus aureus AU-26 羊毛硫抗生素生物合成 bsaB BsaB 催化 脱水酶
Staphylococcus aureus AU-26 羊毛硫抗生素生物合成 bsaC BsaC 催化 环化酶
Staphylococcus aureus AU-26 羊毛硫抗生素生物合成 bsaD BsaD 催化 氧化脱羧酶
Staphylococcus aureus AU-26 羊毛硫抗生素生物合成 bsaP BsaP 催化 蛋白酶
Staphylococcus capitis APC 2923 羊毛硫抗生素生物合成 nsjB NsjB 催化 脱水酶
Staphylococcus capitis APC 2923 羊毛硫抗生素生物合成 nsjC NsjC 催化 环化酶
Staphylococcus capitis APC 2923 羊毛硫抗生素生物合成 nsjP NsjP 催化 蛋白酶
Staphylococcus capitis APC 2923 羊毛硫抗生素生物合成 nsjT NsjT 转运 ABC 转运蛋白
Staphylococcus aureus C55 羊毛硫抗生素生物合成 sacM1 SacM1 催化 修饰酶
Staphylococcus aureus C55 羊毛硫抗生素生物合成 sacM2 SacM2 催化 修饰酶
Staphylococcus aureus C55 羊毛硫抗生素生物合成 sacT SacT 转运 ABC 转运蛋白,含肽酶结构域
Staphylococcus aureus C55 羊毛硫抗生素生物合成 sacJ SacJ 催化 推测脱氢酶
Staphylococcus haemolyticus 羊毛硫抗生素生物合成 romM1 RomM1 催化 修饰酶

关键发现

  1. 葡萄球菌可耐受
  2. 5-45 °C 和 pH
  3. 2-9.3,并在 60 °C 下存活 30 分钟。羊毛硫抗生素 Pep5 分子量为 3488 Da,含 1 个 MeLan、2 个 Lan、2 个 Dhb 及 N-端 2-氧丁酰基;epicidin 280 与 Pep5 序列相似性为 75%,由 30 个氨基酸组成;homicoricin 与 epicidin 280 核心肽相似性为 82%,BGC 同源性为 81-94%。Epilancin K7 去除 N-端前两个残基后仍保留 75% 活性。Micrococcin P1 的生物合成基因簇位于 24 kb 质粒上,由 11 个基因组成。Nisin J 对 13 株测试菌中的 12 株活性强于 Nisin A。表皮素/加里德菌素通过结合 lipid I-II 抑制细胞壁合成,并在膜上成孔。

研究结论

葡萄球菌是生物活性次级代谢物的丰富来源,其产物包括多种羊毛硫抗生素、硫肽、套索肽、II/III 类细菌素、非核糖体肽和铁载体等。这些化合物具有显著的抗菌、免疫调节和金属螯合活性,在医药和食品工业中有广阔的应用前景。然而,大量生物合成基因簇仍处于隐性状态,需要借助基因组挖掘和异源表达等策略来揭示其功能,从而为应对耐药菌感染和开发新型生物制剂提供途径。

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