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Effects of genome duplication on phenotypes and industrial applications of Saccharomyces cerevisiae strains

作者
Ke Zhang, Ya-Hong Fang, Ke-Hui Gao, Yang Sui, Dao-Qiong Zheng, Xue-Chang Wu
单位
College of Life Science, Zhejiang University; Ocean College, Zhejiang University
杂志
Applied Microbiology and Biotechnology(2017)
DOI
10.1007/s00253-017-8284-7
所属领域
发酵工程
关键词
Gene expressionPhysiologyPloidyS. cerevisiaeStress tolerance
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解决的核心问题

基因组加倍(多倍化)对酿酒酵母菌株表型及工业应用的影响尚未完全阐明,需要系统比较不同倍性菌株在压力耐受性、乙醇发酵性能及生理状态上的差异。

研究策略

以单倍体酿酒酵母CEN.PK2-1C为背景,通过交配型转换和杂交构建等基因的二倍体、三倍体和四倍体菌株;比较四种整倍体菌株的形态、生长、压力耐受性和乙醇发酵性能,并结合生理指标(海藻糖、麦角固醇、谷胱甘肽、抗氧化酶活性)和qRT-PCR基因表达分析揭示机制。

研究路线图

100%
基因组加倍对酿酒酵母表型及工业应用影响不明
构建单倍体至四倍体等基因酿酒酵母菌株
系统比较形态、生长、胁迫耐受与发酵性能
解析生理指标与基因表达机制
发现多倍化对表型及生理的多重影响
不同倍性菌株各有工业应用优势
四倍体细胞数少但CAT活性高15.5倍;二倍体正常发酵乙醇产量最高81.9 g/L;三倍体在抑制剂中发酵最快42 h完成;单倍体海藻糖含量最高4.1 mg/g
倍性奇偶性影响细胞周期、海藻糖代谢、麦角固醇合成及抗氧化基因表达
为特定工业应用选育最优倍性酵母提供理论依据
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核心内容

该研究以单倍体酿酒酵母CEN.PK2-1C为背景,通过交配型转换和杂交构建了等基因的二倍体、三倍体和四倍体菌株,系统比较了不同倍性在形态、生长、胁迫耐受和乙醇发酵性能上的差异,并结合海藻糖、谷胱甘肽、抗氧化酶活性及基因表达分析揭示机制。结果显示,四倍体干重仅为单倍体的69%,细胞数减少达64%;不同胁迫下最耐受与最敏感菌株差异最高达10倍。正常培养基中二倍体乙醇产量最高(81.90 g/L),而三倍体在含木质纤维素抑制物的培养基中发酵最快(42小时完成)。单倍体海藻糖含量为4.1 mg/g干重,是二倍体的1.7倍;二倍体谷胱甘肽最高(27 μmol/g干重),比单倍体高28%。qRT-PCR进一步表明倍性影响细胞周期、海藻糖代谢、麦角固醇合成及抗氧化相关基因表达。该研究首次系统揭示了倍性奇偶性和染色体组数对酵母生理状态的综合影响,表明不同倍性菌株各具工业应用优势,为根据发酵条件选育合适倍性菌株提供了理论依据。

创新点

首次系统表征了基因组加倍对酵母工业相关性状(胁迫耐受、乙醇发酵)在表型和生理水平上的多重影响;发现不同倍性菌株各有优劣,且倍性奇偶性影响生理状态,为特定工业应用选择合适倍性菌株提供参考。

研究对象(23)

底盘细胞代谢通路基因蛋白功能说明
酿酒酵母CEN.PK2-1C(及衍生的二倍体CEN-D、三倍体CEN-TR、四倍体CEN-TE) 交配型转换 HO HO endonuclease 调控 用于诱导交配型转换,构建不同倍性菌株
酿酒酵母CEN.PK2-1C及衍生物 细胞周期调控 CLN1 G1 cyclin CLN1 调控 G1期细胞周期蛋白,表达水平与细胞大小负相关,单倍体中表达量约为其他倍性的2倍
酿酒酵母CEN.PK2-1C及衍生物 细胞周期调控 PCL1 G1 cyclin PCL1 调控 二倍体中表达最高,为单倍体1.3倍、三倍体2.3倍、四倍体1.7倍
酿酒酵母CEN.PK2-1C及衍生物 细胞形态调控 GIC2 Gic2 调控 与Cdc42相互作用控制肌动蛋白组织和极性生长,表达随倍性增加而逐渐抑制
酿酒酵母CEN.PK2-1C及衍生物 细胞分离 CTS1 Endochitinase CTS1 催化 编码分泌型内切几丁质酶,参与母细胞与子细胞分离,多倍体中表达升高
酿酒酵母CEN.PK2-1C及衍生物 海藻糖代谢 TPS1 Trehalose-6-phosphate synthase 催化 海藻糖合成复合体亚基,单倍体和三倍体中比二倍体分别上调2.8倍和2.2倍
酿酒酵母CEN.PK2-1C及衍生物 海藻糖代谢 TPS2 Trehalose-6-phosphate phosphatase 催化 海藻糖合成复合体亚基,参与海藻糖合成
酿酒酵母CEN.PK2-1C及衍生物 海藻糖代谢 TPS3 Trehalose synthase complex subunit TPS3 催化 海藻糖合成复合体亚基
酿酒酵母CEN.PK2-1C及衍生物 海藻糖代谢 TSL1 Trehalose synthase complex subunit TSL1 催化 海藻糖合成复合体亚基
酿酒酵母CEN.PK2-1C及衍生物 糖酵解/海藻糖前体供给 HXK1 Hexokinase isoenzyme 1 催化 催化葡萄糖磷酸化,为海藻糖合成提供UDP-葡萄糖前体
酿酒酵母CEN.PK2-1C及衍生物 糖酵解/海藻糖前体供给 PGM2 Phosphoglucomutase 催化 催化葡萄糖-1-磷酸与葡萄糖-6-磷酸互变
酿酒酵母CEN.PK2-1C及衍生物 糖酵解/海藻糖前体供给 UGP1 UDP-glucose pyrophosphorylase 催化 催化UDP-葡萄糖生成
酿酒酵母CEN.PK2-1C及衍生物 海藻糖代谢 NTH1 Neutral trehalase 1 催化 水解海藻糖为葡萄糖
酿酒酵母CEN.PK2-1C及衍生物 海藻糖代谢 NTH2 Neutral trehalase 2 催化 水解海藻糖为葡萄糖
酿酒酵母CEN.PK2-1C及衍生物 海藻糖代谢 ATH1 Vacuolar acid trehalase 催化 液泡酸性海藻糖酶
酿酒酵母CEN.PK2-1C及衍生物 麦角固醇生物合成 ERG20 Farnesyl pyrophosphate synthase 催化 麦角固醇合成途径基因,在二倍体和多倍体中表达差异不显著
酿酒酵母CEN.PK2-1C及衍生物 麦角固醇生物合成 ERG26 C-3 sterol dehydrogenase 催化 麦角固醇合成途径基因,参与甾醇骨架修饰
酿酒酵母CEN.PK2-1C及衍生物 抗氧化系统 SOD1 Cu-Zn superoxide dismutase 催化 催化超氧阴离子歧化为H2O2,单倍体中表达量是二倍体3.5倍
酿酒酵母CEN.PK2-1C及衍生物 抗氧化系统 SOD2 Mn-superoxide dismutase 催化 线粒体基质超氧化物歧化酶,单倍体表达是二倍体1.3倍,四倍体中表达下调40%
酿酒酵母CEN.PK2-1C及衍生物 抗氧化系统 CTA1 Catalase A 催化 过氧化氢酶A,单倍体表达是二倍体3.8倍,四倍体中上调1.6倍
酿酒酵母CEN.PK2-1C及衍生物 抗氧化系统 CTT1 Catalase T 催化 过氧化氢酶T,单倍体表达是二倍体1.9倍,四倍体中下调30%
酿酒酵母CEN.PK2-1C及衍生物 谷胱甘肽生物合成 GSH1 Gamma-glutamylcysteine synthetase 催化 谷胱甘肽合成第一步,三倍体表达高于二倍体
酿酒酵母CEN.PK2-1C及衍生物 谷胱甘肽生物合成 GSH2 Glutathione synthetase 催化 谷胱甘肽合成第二步,三倍体和单倍体表达低于二倍体,可能导致GSH含量低

关键发现

  1. 构建了等基因单倍体、二倍体、三倍体和四倍体酿酒酵母菌株
  2. 四倍体干重仅为单倍体的69%,细胞数比单倍体少12%、41%、64%
  3. 不同胁迫下最耐受与最敏感菌株差异最高达10倍
  4. 在正常发酵培养基中二倍体乙醇产量最高(81.90 g/L),三倍体在含抑制剂(乙酸、甲酸、糠醛、5-HMF、香兰素)的培养基中发酵最快(42小时完成)
  5. 单倍体海藻糖含量为4.1 mg/g干重,是二倍体1.7倍、三倍体1.2倍、四倍体2.7倍
  6. 二倍体谷胱甘肽最高(27 μmol/g干重),比单倍体高28%、比三倍体高20%、比四倍体高15%
  7. 对数期单倍体SOD活性是二倍体1.9倍、三倍体3.6倍、四倍体1.4倍
  8. 四倍体CAT活性是单倍体15.5倍、二倍体1.4倍、三倍体2.4倍
  9. qRT-PCR显示倍性影响细胞周期、海藻糖代谢、麦角固醇合成和抗氧化相关基因表达。

研究结论

倍性修饰显著改变酵母菌株的胁迫耐受性和发酵性能,不同倍性菌株各有独特优势,例如二倍体在正常培养基中乙醇产量最高,三倍体在木质纤维素抑制物存在下发酵速率最快;倍性奇偶性和染色体组数共同影响细胞生理状态,这些发现为特定工业应用选育优良菌株提供了理论依据。